Une soucoupe volante atterrit en pleine nuit près de Los Angeles. Quelques extraterrestres, envoyés sur Terre en mission d'exploration botanique, sortent de l'engin, mais un des leurs s'aventure au-delà de la clairière où se trouve la navette. Celui-ci se dirige alors vers la ville. C'est sa première découverte de la civilisation humaine. Bientôt traquée par des militaires et abandonnée par les siens, cette petite créature apeurée se nommant E.T. se réfugie dans une résidence de banlieue.

Elliot, un garçon de dix ans, le découvre et lui construit un abri dans son armoire. Rapprochés par un échange télépathique, les deux êtres ne tardent pas à devenir amis. Aidé par sa soeur Gertie et son frère aîné Michael, Elliot va alors tenter de garder la présence d'E.T. secrète.